Het verhaal
Het verhaal begint in 'Skyloft', een eiland dat hoog boven de wolken zweeft. Link woont hier samen met Zelda, waar hij in dit verhaal een hechte band mee heeft. Op een dag wordt er een ceremonie gehouden, waarbij de verschillende deelnemers een vliegwedstrijd moeten doen met een vogel en een standbeeldje te pakken moeten krijgen.
Link wint deze wedstrijd en terwijl hij daarna samen met Zelda aan het rondvliegen is, verschijnt plots een reusachtige tornado, waardoor Link en Zelda naar beneden vallen.
Link wordt voorbereid om Zelda terug te gaan zoeken. Hij bemachtigt het Skyward Sword en leert de Skyward Strike en daalt daarna af naar 'de Surface', het gebied onder Skyloft.
Link landt in de nabijheid van de Skyview Temple, de eerste dungeon van het spel. Nadat hij hieruit is geraakt en Lord Ghirahim een eerste keer heeft verslagen, zet hij zijn tocht verder om Zelda te redden.